Inspirada en els viatges de Suzan Pitt per Mèxic i Guatemala, El doctor narra les vicissituds d’un metge alcohòlic que ha perdut la passió pel seu treball. A través d’una sèrie d’episodis absurds, se’ns mostra els miracles que succeeixen al seu hospital, i que inclouen a una nena a la qual li comencen a créixer flors al cos o una dona que dóna a llum a un centenar de bebés, cap d’ells humà. Cada un d’aquests successos és acompanyat per un canvi en la tècnica d’animació, des de cel·luloide colorejat fins dibuix en llapis.