Inspirada en los viajes de Suzan Pitt por México y Guatemala, El doctor narra las vicisitudes de un médico alcohólico que ha perdido la pasión por su trabajo. A través de una serie de episodios absurdos, se nos muestran los milagros que ocurren en su hospital, y que incluyen a una niña de cuyo cuerpo comienzan a crecer flores o una mujer que da a luz a un centenar de bebés, ninguno de ellos humano. Cada uno de estos sucesos es acompañado por un cambio en la técnica de animación, desde celuloide coloreado hasta dibujo a lápiz.