Nascuda al Caire, Egipte, Klonaris va estudiar Belles Arts a l'Escola Nacional de Belles Arts d'Atenes, literatura anglesa a la Universitat d'Atenes, egiptologia a l'École Pratique des Hautes Études de París, cinema experimental, història de l'art i estètica a la Universitat Paris I, Sorbonne i infografia a l'Escola Nacional d'Arts Decoratives de París.
Assentades a París des de 1975, Maria Klonaris i Katerina Thomadaki, cineastes, artistes visuals i teòriques, són coautores d'una obra interdisciplinària que comprèn més de cent peces estructurada en cicles – La Tétralogie Corporelle (The Body Tetralogy, 1975-1979), Le Cycle de l’Unheimlich (The Cycle of the Uncanny, 1977-1982), La Série Portraits (The Portrait Series, 1979-1992), Le Cycle des Hermaphrodites (The Cycle of the Hermaphrodites, 1982-1990), Le Rêve d’Electra (Electra’s Dream, 1983-1990), Le Cycle de l’Ange (The Angel Cycle, 1985—), Les Jumeaux (The Twins, 1995-2000). També han estat coautores d'un important corpus de publicacions.
Àmpliament reconegut, el treball pioner de les artistes ha estat exhibit internacionalment (MoMA New York, Centre Pompidou, Tate Modern, National Gallery of Art Washington, Cinémathèque française, British Film Institute, Kunsthalle Wien, Fundació Joan Miró de Barcelona, Museu Benaki i Fundació Onassis d'Atenes, Museu d'Art Contemporani de Taipei, etc.). El Museu Jeu de Paume de París ha presentat recentment la retrospectiva Klonaris/Thomadaki, Manifeste: Le Cinéma Corporel.
Com a activistes culturals, Maria Klonaris i Katerina Thomadaki van ser comissàries de tres temporades de la quadriennal Rencontres Internationales Art cinéma/vidéo/ordinateur i van coeditar els llibres Technologies et imaginaires (Technologies and Imagination, Dis/voir, 1990), Mutations de l’image (Image Mutations, A.S.T.A.R.T.I., 1994) i Pour une écologie des médias (Towards a Media Ecology, A.S.T.A.R.T.I., 1998).
Les seves obres formen part de diverses col·leccions estatals (Centre Pompidou, Fonds national d'art contemporain, etc.), les seves pel·lícules són restaurades i conservades per Archives Françaises du film/CNC, els seus textos i documents audiovisuals són reunits per l'Arxiu Klonaris / Thomadaki a La Biblioteca Nacional de França i les seves creacions radiofòniques formen part dels arxius de l'Institut National de l'Audiovisuel.
