Karpo Godina nació en Skopje, Macedonia del Norte, en 1943. Hijo de Viktor Aćimović, fotógrafo, periodista, revolucionario y bohemio, y Milena Godina, actriz y cofundadora del Teatro Estatal de Macedonia. Pasó su infancia en Skopje y su adolescencia en Maribor. Más tarde, comenzó a filmar películas experimentales en 8 mm. En los años sesenta estudió en la Academia de Teatro, Radio, Cine y Televisión de Ljubljana, donde más tarde enseñó como profesor de dirección de cine y cámara.
En el año 1968, el director Želimir Žilnik lo invitó a Novi Sad para trabajar como director de fotografía y editor en la película Early Works, ganadora del Premio Golden Bear en el Festival de Cine de Berlín. Como director de fotografía en largometrajes, Karpo Godina colaboró con muchos directores como Bato Čengić, Lordan Zafranović, Ivica Matić, Živojin Pavlović, Dušan Makavejev, Vojko Duletić, Filip Robar-Dorin, Polona Sepe, Dejan Šorak, Stanko Crnobrnja , Zlatko Lavanić, Miran Zupanič y en co-producciones americanas, inglesas y argentinas.
Como director, su primer largometraje fue The Raft of Medusa (Splav Meduze, 1980) seguido de Red Boogie (Rdeči boogie, 1982) y Artificial Paradise (Umetni raj, 1990). Estas tres películas se presentaron en casi todos los principales festivales de cine del mundo: Cannes, Berlín, Londres, Los Ángeles, Tokio, Sidney, Melbourne, Toronto, Edimburgo, Estambul, San Francisco, Rotterdam, Estrasburgo y muchos otros.
Ha participado como miembro de jurado en más de 50 festivales de cine nacionales e internacionales. Karpo Godina también dirigió obras de teatro y óperas.
En el año 2006 recibió el premio Prešeren Award, el premio estatal más importante en el campo de las artes y la cultura.
En el año 2011 obtuvo el título de Profesor Emérito de la Universidad de Ljubljana.
